조세심판원, 계약금액 특정비율로 발급한 세금계산서 실제 용역 제공에 따른 것으로 보기 어려워

조세심판원이 계약금액의 특정비율로 발급된 세금계산서는 실제 용역 제공에 따른 것으로 보기 어렵다며, 이를 근거로 한 부가가치세 가산세와 법인세 부과 처분에 대한 불복 청구를 받아들이지 않았다.

조세심판원은 2026년 9월 15일 조심 2025서2125 결정에서 '사실과 다른 세금계산서를 수취하여 가공자산을 계상한 것으로 보아 부가가치세 가산세 및 법인세 등을 부과한 처분의 당부' 사건의 심판청구를 기각했다.

사건은 이동통신사업을 영위하는 A 주식회사가 B 주식회사로부터 2013∼2015년 정보통신시스템 운영·유지보수 및 개발 용역 관련 세금계산서를 수취한 데서 비롯됐다. 서울지방국세청장은 2024년 12월 16일부터 2025년 4월 30일까지 조사한 뒤 해당 거래를 실물거래가 없거나 공급가액이 과다기재된 사실과 다른 세금계산서로 보고, 남대문·종로세무서장에게 관련 자료를 통보했다. 처분청들은 이후 부가가치세 및 법인세 등을 경정·고지했다.

조세심판원 결정요지는 쟁점계약이 용역 제공 기간 개시일로부터 수십 일에서 수백 일 이후에 체결됐고, 세금계산서 발급일자와 공급가액도 계약서와 일치하지 않으며, 공급가액 역시 전체 계약금액의 특정비율로 정해져 있어 실제 용역 제공에 따른 세금계산서로 보기 어렵다는 것이다.

공식 결정문에는 처분청이 각 개발건의 배포예정일이 어느 세금계산서 작성일 구간에 귀속되는지 확인하고, 그 구간의 소명인정금액과 해당 세금계산서 공급가액을 대비해 개별 세금계산서 단위의 실재성을 검증한 내용도 담겼다.

청구법인들은 10년의 장기 부과제척기간 적용도 다퉜지만 심판청구는 전부 기각됐다.

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